《實施意見》包含4項主要原則。 一是創新引領發展。圍繞生態環境保護事業長遠發展需要，頂層謀劃未來一段時間的科技創新工作思路和重點任務，凸顯科技的引領作用。二是優先支撐管理。以打好污染防治攻堅戰和生態環境保護為基本點出發，圍繞當前打好污染防治攻堅戰需求，深化科技體制改革，引導科研人員積極投身污染防治攻堅戰，并激勵科研人員發揮主觀能動性和創造力，在生態環境保護中取得重大突破，發揮科技支撐與引領作用。三是協同整體推進。結合實際情況，圍繞促進科技創新活動的人才、平臺、項目、經費、體制、機制、文化等全要素，全面深化科技體制改革，全面落實中央和國家最新的文件政策要求，優化管理流程，提高績效。四是突出重點任務。圍繞科研單位“人、財、物”等關鍵改革，以及弘揚科學家精神等方面為重點，提出了針對性的意見和具體的舉措。

《實施意見》共18條內容，涵蓋了能力體系建設、科研項目管理、“放管服”改革、高層次人才隊伍建設、科技成果轉化、作風學風建設六大方面。總體來說，圍繞“激發科技創新活力”這條主線，重點在能力建設、項目管理、放管服改革、人才隊伍、成果轉化和創新環境6個領域進行突破。在優化科研立項，加大投入力度方面，《實施意見》指出，推進政府購買服務改革，對適宜由部屬科研單位或其他社會力量承擔的政府購買服務事項，采用直接委托或競爭性購買等方式，實行合同化管理。部屬科研單位承接政府購買服務取得的收入，應當納入單位預算統一核算，依法納稅并享受相關稅收優惠等政策，稅后收入由受托單位按相關政策規定進行支配。